原始传奇的神石不是镶在普通石头上，而是镶嵌到可觉醒的特殊装备孔位中，操作入口在庄园的神石商人处。准备好神石后，先确认盾牌、面纱、勋章、玉佩、疗伤石或斗笠已经完成觉醒，再打开神石商人界面选择神石镶嵌，点击需要强化的部位，消耗传奇币开启孔位，最后把神石放入已开启的槽位并确认保存。每个部位最多有3个孔，6个部位合计18个孔位，一个部位的孔位全部解锁需要90000传奇币；没有觉醒、没有开孔或部位不符合要求时，神石无法直接放入。
实际操作顺序应当是先准备装备，再准备传奇币和神石，避免材料齐全却找不到可用孔位。进入庄园后找到神石商人，选择神石镶嵌页面，从左侧挑选盾牌、面纱、勋章、玉佩、疗伤石、斗笠中的一个部位，点击空白孔位进行开孔；开孔完成后，再从背包选择对应神石，点击镶嵌即可生效。神石不需要放入装备强化、铭文或普通宝石界面，误把神石拖到其他系统中通常不会成功。多余神石或暂时不适合职业的神石可以在神石回收中换成神石精华，用于后续兑换或淬炼。
神石搭配应根据职业和使用场景安排，前期传奇币有限时优先开启1个部位的关键孔位，不必一次解锁18个孔。战士近身承伤较多，优先考虑双防，再补穿透和敏捷，适合挂机刷怪、野外对抗和承受集火；道士可优先穿透、准确、攻击，提升召唤物配合和持续输出；法师则优先穿透、准确、魔法防御，更适合远程打怪和玩家对战。免费神石宝箱只能从给定选项中选择一个时，优先选择能补足当前短板的属性，不要只看神石名称或单项数值。
镶嵌完成后需要检查属性是否真正生效，同类型神石最多只有3个有效，超过3个即使成功放入，额外部分也不会继续增加属性，因此18个孔不宜全部堆同一种神石。前期可以先用容易获得的神石填充已开启的孔位，中期根据职业属性替换成穿透、准确、防御或攻击类神石，后期再集中传奇币完善六个部位。神石主要可通过相关活动、域外仙岛、神石商城和回收获得，神石精华不足时不要急于淬炼，先保留能直接提升当前刷怪或pk效率的成品神石。